شورای علمی متشکل از رئیس فرهنگستان و رؤسای گروه های علمی است. دبير و معاون پژوهشی نيز در این شورا شركت مي كنند. جلسات شورا دو هفته یک بار تشکیل می­ شود. ریاست شورا با رئیس فرهنگستان است.

وظايف شورای علمی

- بررسي سياست ها و برنامه­ ها و ارائه آن به مجمع عمومی براي تصويب

- تعيين وظايف گروه هاي علمي

- بررسي و اظهار نظر در مورد طرح هاي علمي و ارجاع آن به گروه هاي علمي ذيربط

- تعيين اهم مسائل و موضوعاتي كه لازم است مورد تحقيق قرار گيرد و پيشنهاد آنها به مراكز علمي ذيصلاح در كشور

- تهيه و تدوين ضوابط مربوط به اعطاي پاداش، جايزه، بورس، نشان و مدال به افراد واجد شرايط

- بررسي و پيشنهاد ضوابط در خصوص ارتقاي سطح علمي سمينارها، كنگره­ ها و كنفرانس هاي علمي در سطح ملي، بين المللي و ارزيابي اين­گونه مجامع

- انجام ساير كارهايي كه از سوي هيأت ­امناي فرهنگستان ها، مجمع ­عمومی و رئیس فرهنگستان به اين شورا ارجاع مي­ شود.

اعضای شورای علمی (به ترتیب حروف القبا)

- دکتر محمدرضا اسلامی (رئیس گروه علوم مهندسی)

- دكتر رضا داوري اردكاني (رئیس فرهنگستان و رئیس شورا)

- دکتر عباس شریفی تهرانی (رئیس گروه علوم کشاورزی)

- دکتر سیدمصطفی محقق ­داماد (رئیس گروه مطالعات اسلامی)

- دکتر فرید مُر (رئیس گروه علوم پایه)

 - دکتر محمدقلي نادعليان (رئیس گروه علوم دامپزشکی)

- دکتر حسین نمازی (رئیس گروه علوم انسانی و دبیر فرهنگستان)